Eboue do Arsenalu trafił 2 styczna 2005 roku. Wcześniej był zawodnikiem niezbyt znanych klubów: ASEC Abidżan oraz KSK Beveren.

Na początku swojej przygody z klubem z północnego Londynu, Eboue był prawym obrońcą. Obecnie jednak częściej występuje w linii pomocy.

Debiut piłkarza w barwach kanonierów miał miejsce dość szybko, bowiem już 27 dni po sowim przyjściu do klubu miał okazję sprawdzić się w rozgrywkach FA Cup. Rywalem Arsenalu było Stoke City, kanonierzy zwyciężyli 2-1.

Swoją pierwszą bramkę dla klubu zdobył kilka miesięcy później. Zdarzyło się to dokładnie 25 października w spotkaniu Carling cup z Sunderlandem (3-0).

Po 16 miesiącach od przybycia na wówczas jeszcze Highbury Stadium, Eboue zaliczył występ w finale Ligi Mistrzów z Barceloną.

Emmanuel jest regularnym reprezentantem Wybrzeża Kości Słoniowej. W 2006 roku zdobył z tym krajem srebrny medal Pucharów Narodów Afryki.