Emerson zaczynał karierę jako obrońca, później został przekwalifikowany na środek pomocy. Dobre panowanie nad piłką, umiejętność przewidywania akcji rywala i dobry strzał wyróżniało Brazylijczyka spośród innych zawodników Grêmio. Do Europy piłkarz wyjechał w 1997 roku w związku z transferem do Bayeru Leverkusen.

W Niemczech nauczył się twardej, fizycznej gry. W 2000 roku odrzucił ofertę Bayernu Monachium i przeniósł się do Rzymu, by grać w AS Roma. Tam spotkał Fabia Capella, trenera, z którym od tej pory się nie rozstaje. W stolicy Włoch Emerson szybko się zaadaptował, stał się fundamentalnym elementem drużyny i już w swoim pierwszym sezonie zdobył mistrzostwo Włoch. Po czterech latach gry dla AS Roma zdecydował się - wraz z Capello - przenieść do Juventusu Turyn. Z tą drużyną dwa razy zdobył mistrzostwo, które zostały Juventusowi odebrane w związku z aferą korupcyjną we włoskim futbolu.

Emerson jest piłkarzem grającym efektywnie, a nie efektownie. Mimo to, Brazylijczyk zdecydował się opuścić Serie A i wybrać finezyjną hiszpańską Primera División. W 2006 roku po zdegradowaniu Juventusu do Serie B, do Realu Madryt odszedł mentor Emersona, Fabio Capello. Włoski trener zapragnął mieć do dyspozycji swojego ulubieńca - w ten sposób Emerson razem z Fabio Cannavaro przeprowadzili się do stolicy Hiszpanii za łączną kwotę 20 milionów euro[potrzebne źródło]. Nie sprawdził on się jednak w Madrycie, i już rok później, w sierpniu 2007 Emerson podpisał 2 letni kontrakt z drużyną z Mediolanu - AC Milan.

W reprezentacji Brazylii Emerson debiutował w 1997 roku i do czasu zakończenia reprezentacyjnej kariery w 2006 dawał tej drużynie spokój w grze. Grał na Mistrzostwach Świata we Francji w 1998 roku. Z powodu kontuzji ominął go mundial w 2002 roku, ale już 4 lata później udało mu się zagrać na Mistrzostwach Świata. W roku 2005 zdobył Puchar Konfederacji.