Edu zaczynał karierę w jednym z najbardziej utytułowanych brazylijskich klubów, Sport Club Corinthians Paulista. W 1998 i 1999 roku zdobył mistrzostwo Brazylii,a w 2000 r. Zdobył Puchar Interkontynentalny.

Edu w 2000 roku przeszedł do Arsenalu za 6 milionów funtów. W tym samym roku otrzymał włoski paszport i mógł grać w reprezentacji Włoch, lecz wybrał grę dla Brazylii.

Jego debiut w barwach Arsenalu odbył się w 2001 roku w bezbramkowo zremisowanym meczu z Leicester City. Wielu ludzi wierzyło że znajdzie sie w składzie na Mistrzostwa świata w 2002 roku[potrzebne źródło], lecz trener Luiz Felipe Scolari nie wybrał go do składu.

Sezony 2001/2002, 2002/2003 i 2003/2004 były jednymi z najlepszych w jego karierze, a jego Arsenal w 2004 roku wygrał ligę nie przegrywając żadnego meczu. Dopiero w 2004 roku Edu zadebiutował w reprezentacji w meczu z Chile i został powołany na Copa America 2004.

W sezonie 2004-2005, Edu stracił miejsce w składzie na rzecz Cesca Fabregasa. Postanowił nie przedłużać kontraktu i w lecie 2005 roku przeszedł za darmo do Valencii.