Pérez w wieku 19 lat, stał sie podstawowym graczem Defensor Sporting. Grał tam przez cztery lata, ale w tym czasie z klubem nie osiągnął większych sukcesów. W 2003 roku odszedł do mistrza Urugwaju - C.A. Peñarol. Jednak jego nowej drużynie nie udało się obronić tytułu wywalczonego przed rokiem. Wtedy przez cały sezon Pérez rozegrał tylko 13 spotkań w barwach pierwszej drużyny.

Postanowił, więc odejść do AS Monaco. Po przyjściu o miejsce w wyjściowej jedenastce, na swojej pozycji musiał rywalizować z Lucasem Bernardim i Akisem Zikosem. Szczególnie faworyzowany do gry jako defensywny pomocnik był w sezonie 2005/06, przez Francesco Guidolina.
W reprezentacji Urugwaju rozegrał dotychczas 44 spotkania, ale nie zdobył w nich żadnej bramki.