Rodríguez pochodzi z Montevideo i tam też rozpoczął karierę w klubie Club Atlético Peñarol. W jego barwach w 2002 roku zadebiutował w lidze urugwajskiej, jednak dopiero w 2003 roku wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie i wtedy też po raz pierwszy w karierze zdobył mistrzostwo Urugwaju. Na początku 2005 roku piłkarz leczył kontuzję i ani razu nie pojawił się na boisku, a latem odszedł z zespołu.

Latem 2005 za 500 tysięcy euro Rodríguez przeszedł do francuskiego Paris Saint-Germain. W Ligue 1 zadebiutował dopiero 3 grudnia w przegranym 0:2 spotkaniu z Olympique Lyon. W PSG grał jednak mało (zaledwie 11 meczów, z czego 4 zaczynał w pierwszym składzie), ale zdołał osiągnąć sukces, jakim było wywalczenie Pucharu Francji. W sezonie 2006/2007 wystąpił w rozgrywkach Pucharu UEFA, a jego klub w którym zagrał w tym sezonie 25 meczów utrzymał się w pierwszej lidze. W PSG grał wraz z rodakiem, Carlosem Bueno.

Latem 2007 na zasadzie wolnego transferu Rodríguez przeszedł do SL Benfica, gdzie miał zastąpić na lewym skrzydle Simão Sabrosę, który odszedł do Atlético Madryt. W 2008 roku przeniósł się natomiast do FC Porto.