Cris zawodową karierę rozpoczynał w 1995 roku w Corinthians São Paulo. W debiutanckim sezonie rozegrał dwa ligowe spotkania, a w kolejnych rozgrywkach nie wystąpił w ani jednym meczu. Łącznie przez cztery lata gry dla Corinthians Cris zaliczył 26 występów. W 1995, 1997 i 1999 roku zwyciężył w rozgrywkach Campeonato Paulista, w 1995 roku sięgnął po krajowy puchar, a w 1998 roku został mistrzem kraju. W 1999 roku Brazylijczyk został zawodnikiem Cruzeiro Esporte Clube. W 2003 roku na krótki okres czasu trafił do niemieckiego Bayeru Leverkusen, jednak nie potrafił przebić się tam do wyjściowej jedenastki i powrócił do Cruzeiro. Łącznie dla ekipy "Raposa" Cris rozegrał 156 ligowych pojedynków i strzelił trzynaście bramek. W tym czasie wywalczył mistrzostwo i puchar Brazylii oraz mistrzostwo stanu Minas Gerais. W sierpniu 2004 roku Cris podpisał kontrakt z Olympique Lyon, a francuski klub zapłacił za niego blisko trzy miliony euro. W nowym klubie brazylijski obrońca od razu wywalczył sobie miejsce w podstawowej jedenastce i stworzył duet środkowych obrońców ze swoim rodakiem Caçapą. Od początku swojej przygody z Lyonem Cris odnosił wiele sukcesów w rozgrywkach ligowych, regularnie grywał także w Lidze Mistrzów UEFA. Każdy z sezonów spędzonych na Stade Gerland kończył sięgnięciem po tytuł mistrza Francji, oprócz tego jego gra wielokrotnie była wyróżniana przez takie czasopisma jak L'Équipe oraz France Football. Cris przedłużył swój kontrakt z ekipą "Les Gones" do 2011 roku, a Alain Perrin mianował go kapitanem drużyny. 11 sierpnia 2007 roku w meczu przeciwko Toulouse FC Brazylijczyk zderzył się z Johanem Elmanderem i zerwał więzadła w prawym kolanie. Kontuzja ta wykluczyła go z gry na niemal pół roku, a wychowanek Corinthians na boisko powrócił dopiero 1 marca 2008 roku w pojedynku z Lille OSC.