Bruno Alves zawodową karierę rozpoczynał w FC Porto, gdzie w 1999 roku zadebiutował w drugim zespole. Rozegrał dla niego 55 spotkań, w których strzelił osiem goli. Później przeniósł się do S.C. Farense, a następnie do Vitórii SC. W 2004 roku wyjechał z Portugalii i trafił do Grecji. Tam przez jeden sezon reprezentował barwy AEK-u Ateny, dla którego zaliczył 27 występów. Następnie wrócił do swojego pierwszego klubu w karierze - FC Porto. Kluczowym momentem w jego karierze było przybycie na Estádio do Dragão Jesualdo Ferreiry. Wówczas Alves wywalczył sobie miejsce w pierwszej jedenastce i razem z Pepe stworzył duet środkowych obrońców, jeden z najlepszych w lidze. Porto sięgnęło po mistrzostwo kraju, a największy udział w tym sukcesie według wielu mieli Ricardo Quaresma, Anderson, Lucho González oraz Pepe. O świetnej postawie Bruno Alvesa jednak mało kto wspominał. W czerwcu 2007 roku Portugalczyk był łączony z przenosinami najpierw do Aston Villi, a później do Liverpoolu. Oba te transfery ostatecznie nie doszły do skutku. W sezonie 2007/2008 Bruno Alves razem z Porto ponownie wywalczył tytuł mistrza kraju.