Zenden piłkarską karierę zaczynał w rodzinnej miejscowości Maastricht, w małej szkółce o nazwie Leonidas. Profesjonalną karierę Zenden zaczynał jednak w klubie PSV Eindhoven. Ten lewy pomocnik zadebiutował w Eredivisie 28 sierpnia 1994 roku w meczu, który PSV wygrało z Vitesse Arnhem 4-2, a Zenden wszedł wówczas na boisko w 84 minucie.

W 1998 roku zainteresowała się nim wielka FC Barcelona i za 12 milionów euro Zenden przeszedł na Półwysep Iberyjski. Jednak w Barcelonie nie pokazał w pełni swojego talentu i nie grał zbyt dobrze. Trener Louis van Gaal na lewym skrzydle wolał Marca Overmarsa. W Hiszpanii jedynym sukcesem było zdobycie mistrzostwa Hiszpanii w 1999 roku. Potem szło mu coraz to gorzej. Ogółem przez 3 sezony (grał w Barcelonie do lata 2001) w Primera División rozegrał tylko 64 mecze i zdobył tylko 2 bramki.

Latem 2001 roku za 8 milionów euro Holender przeszedł do angielskiego Chelsea FC. W Londynie Zenden także nie zachwycił i po dwóch sezonach trafił do Middlesbrough F.C. Tam piłkarz zaprezentował się z jak najlepszej strony i po sezonie przeszedł do Liverpoolu.

6 lipca 2007 Zenden podpisal dwuletni kontrakt z Olympique Marsylia, namawiany przez jego znajomego Djibrila Cisse (obecnie zawodnik grający właśnie w Olympique Marsylia), u boku którego grał w "The Reds".