Bakari Koné rozpoczynał swoją karierę w największym klubie swojego kraju, ASEC Abidżan. Później krótko grał w lidze katarskiej, jednak prawdziwą gwiazdą stał się po przyjeździe do Francji i doskonałej grze w Ligue 2 w barwach FC Lorient. W sezonie 2004/2005 zdobył 24 gole i został najlepszym graczem sezonu w Ligue 2, po zakończeniu sezonu przeniósł się do grającego w wyższej klasie OGC Nice, z którym dotarł w 2006 do finału Pucharu Ligi Francuskiej. W 95 występach w barwach OGC, zdobył 29 bramek, po czym odszedł do Olympique Marsylia.