Piłkarz wypromował się w rodzinnym mieście w barwach Rayo Vallecano, z kolei w 2005 roku związał się z innym klubem ze stolicy – Realem Madryt - tyle że występował w tamtejszych rezerwach.

W ostatnim sezonie gry dla Castilli zawodnik zdobywał wiele bramek, choć to na niewiele się zdało, ponieważ drużyna została zdegradowana do niższej ligi. Negredo zrobił duże wrażenie na ówczesnym szkoleniowcu Realu – Fabio Capello i Włoch postanowił zabrać go na mecze Copa del Rey, jednak był tylko rezerwowym i nie dostał żadnej szansy. Swój debiut w pierwszej drużynie Alvaro zaliczył w towarzyskim meczu z Atlético Madryt.

W lipcu 2007 roku Negredo został sprzedany do beniaminka Primera División – UD Almería z opcją odkupienia przez Real. 2 lutego 2008 roku zawodnik zdobył jedną z bramek w wygranym przez Almeríę 2-0 meczu z jego byłym klubem.