Po podpisaniu kontraktu zwiększającego pensję piłkarzowi z 3000 R$ do 25000 R$, przedłużeniu umowy do 2009 roku oraz zwiększeniu kwoty odstępnego do 20 milionów euro, z uwagi na duże zainteresowanie piłkarzem europejskich klubów, Pato gotów był do gry w lidze brazylijskiej.

Szerokiej widowni Pato pokazał się po raz pierwszy w turnieju młodzieżowym Copa Sendai 2006 w Japonii. W pierwszym meczu z Japonią strzelił hat-tricka, a w finale z Francją strzelił zwycięską bramkę. W swoim debiucie w lidze brazylijskiej 26 listopada 2006 roku Alexandre w wieku 17 lat w znaczący pomógł swojemu zespołowi w wygraniu 4:1 nad Palmeiras zdobywając bramkę już w pierwszej minucie swojej gry i zaliczając 3 asysty. Jego gra spowodowała, że zainteresowały się nim media i zaczął być porównywany do Ronaldinho.

Zawodnik pomógł też Internacionalowi w zdobyciu Klubowego Mistrzostwa Świata w roku 2006. Strzelił on na tych zawodach bramkę w półfinale grając przeciwko Al-Ahly Kair, zaś w finale przeciwko FC Barcelonie gola nie zdobył, mimo to jego zespół wygrał 1:0.

Alexandre Rodrigues da Silva w letnim okienku transferowym 2007/2008 za sumę 22 mln euro przeszedł do zespołu AC Milan.

Swojego pierwszego gola w barwach "Rossonerich" Brazylijczyk strzelił 13 stycznia 2008 roku w zwycięskim 5:2 meczu przeciwko Napoli. Był to jednocześnie jego pierwszy oficjalny mecz w Milanie (wcześniej zagrał w dwóch sparingowych spotkaniach z Dynamem Kijów, oraz z reprezentacją Zjednoczonych Emiratów Arabskich).