Alberto Marcos Rey jest wychowankiem Realu Madryt. W 1993 roku został włączony do pierwszego zespołu "Królewskich", a 17 kwietnia 1994 roku w wygranym 1:0 wyjazdowym meczu z Sevillą po raz pierwszy wystąpił w Primera División. W debiutanckim sezonie Marcos Rey rozegrał dla swojego klubu cztery ligowe pojedynki i w końcowej tabeli zajął czwarte miejsce. Podczas rozgrywek 1994/1995 Hiszpan wziął udział w trzech spotkaniach pierwszej ligi i razem z drużyną wywalczył tytuł wicemistrza kraju. Po zakończeniu sezonu Marcos Rey podpisał natomiast kontrakt z Realem Valladolid, w barwach którego mógł liczyć na regularne występy. W pierwszym sezonie spędzonym w nowym zespole rozegrał 26 ligowych pojedynków. Podczas sezonu 1997/1998 Valladolid po raz drugi w historii klubu wzięło udział w rozgrywkach Pucharu UEFA. Ekipa "Pucela" jednak już w drugiej rundzie została wyeliminowana przez Spartak Moskwa, z którym przegrała w dwumeczu 4:1. W sezonie 1998/1999 Marcos Rey zaliczył swój setny ligowy występ dla Valladolid. Podczas rozgrywek 2002/2003 hiszpański obrońca strzelił łącznie dwie bramki, jedną w zwycięskim 3:0 meczu z Realem Betis oraz jedną w przegranym 1:3 pojedynku przeciwko RCD Mallorca, jednak nie pomogło to Realowi Valladolid w uniknięciu degradacji do drugiej ligi. Marcos Rey zdecydował się pozostać na Estadio José Zorila i w sezonie 2006/2007 dzięki zajęciu pierwszego miejsca w Segunda División razem ze swoją drużyną powrócił do grona pierwszoligowców. 21 grudnia 2008 roku wychowanek Realu Madryt po raz 400 wystąpił w ligowym meczu Valladolid, a jego klub przegrał wyjazdowe spotkanie z Numancią 4:3.