Pereira zawodową karierę rozpoczynał w sezonie 2001 w pierwszoligowym klubie Grêmio Porto Alegre. W brazylijskiej ekstraklasie zadebiutował 7 listopada 2001 w wygranym 3:1 meczu z Botafogo. Było to jednak jedyne spotkanie rozegrane przez niego w debiutanckim sezonie. W tamtym sezonie zdobył również z klubem puchar Brazylii. 19 września 2002 w wygranym 2:0 pojedynku z Juventude strzelił pierwszego gola w trakcie gry w lidze brazylijskiej. W Grêmio Pereira spędził w sumie trzy sezony. W tym czasie rozegrał tam 44 ligowe spotkania i zdobył 2 bramki.

W 2004 roku podpisał kontrakt z włoskim US Palermo. Pierwszy występ w Serie A zanotował 27 października 2004 w przegranym 1:2 spotkaniu z Livorno. Przez pierwsze pół sezonu w lidze zagrał jeden raz. W styczniu 2005 został wypożyczony do Atalanty Bergamo. Do końca sezonu 2004/2005 w jej barwach rozegrał 10 spotkań i strzelił 2 gole. Po zakończeniu rozgrywek ligowych, w których Atalanta zajęła dwudzieste miejsce i spadła do drugiej ligi, Pereira trafił do klubu z Bergamo na zasadzie transferu definitywnego. W sezonie 2005/2006 w Serie B uplasował się z klubem na pierwszej pozycji i powrócił z nim do ekstraklasy. W Atalancie grał jeszcze przez rok. Łącznie wystąpił tam w 61 ligowych meczach i zdobył 2 bramki.
W 2007 roku za kwotę 2,5 miliona euro został sprzedany do francuskiego AS Monaco. W Ligue 1 zadebiutował 22 września 2007 w przegranym 0:1 meczu z Valenciennes FC. W pierwszym sezonie w lidze zagrał 24 razy, a Monaco zajęło dwunaste miejsce w tabeli. W sezonie 2008/2009 rozegrał 15 spotkań, a jego klub uplasował się na jedenastej pozycji.