Werder Brema został założony 4 lutego 1899. Jednak dopiero w 1965 r. klub zdobył mistrzostwo Niemiec.

Wcześniej, bo w 1961 r., klub wywalczył Puchar Niemiec. Prawdziwa historia Werderu rozpoczęła się w roku 1981, wraz z przybyciem "króla Otto" czyli Otto Rehhagela – trenera, który zainspirował narodziny wielkiego klubu.

Od sezonu 1980/81 Werder nieprzerwanie gra w 1. Bundeslidze. Pod wodzą Rehhagela Werder wraz z Bayernem Monachium dominował w całej lidze. Szkoleniowiec ten zdobył dla klubu 2 tytuły mistrza Niemiec w latach 1988 i 1993, natomiast w latach 1991 i 1994 triumfował w rozgrywkach o Puchar Niemiec.

Odniósł też sukcesy na arenie międzynarodowej, tzn. wywalczył Puchar Zdobywców Pucharów w roku 1992 pokonując w drodze do finału w dwumeczu rumuński FC Bacau aż 11:0, pokonane zostały także takie kluby jak Ferencvarosi TC, Galatasaray SK i Club Brugge KV, a w finale na Estadio da Luz w Lizbonie AS Monaco 2:0. Po odejściu Rehhagela w 1995 r. klub przeżywał kryzys. Dopiero w 1999 r. do trofeów klub dodał Puchar Niemiec a szóste miejsce na koniec sezonu w Bundeslidze w sezonie 2001/02 dało Werderowi przepustkę do Pucharu UEFA, przygoda ta nie była długa, klub odpadł w drugiej rundzie ulegając holenderskiemu SBV Vitesse.

W 1999 r. trenerem został Thomas Schaaf, który prowadzi drużynę do dziś. W 2004 r. drużyna zdobyła swoje czwarte mistrzostwo Niemiec w historii, zapewniając sobie tytuł na dwie kolejki przed zakończeniem rozgrywek. Także w 2004 r. zdobyli Puchar Niemiec pokonując w finale Allemanię Aachen 3:2, stając się czwartą drużyną w historii niemieckiej piłki, która wywalczyła dublet w jednym sezonie. Werder w tym sezonie miał dwóch kluczowych zawodników którzy w znacznej części przyczynili się do zwycięstwa. Byli to Ailton i Johan Micoud. Werder zakończył sezon z doubletem i dodatkowo z królem strzelców - Ailtonem. Tuż po sezonie z Werderu odszedł Ailton do Schalke 04, ale dołączył kolejny super snajper Miroslav Klose. O Ailtonie już nie jest tak głośno jak za czasów gdy grał w Werderze. W następnym sezonie klub występował w lidze mistrzów, zajmując drugie miejsce w grupie, za Interem Mediolan, awansował do najlepszej 16, w dwumeczu z Olympique Lyon Werder przegrał 2:10.

Sezon 2004/05 ukończył na 3 miejscu co dało drużynie prawo do udziału w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów. Po sezonie odszedł bardzo ważny gracz w Werderze - Johan Micoud do Gironde Bordeaux. Kibice nie wierzyli, że uda się znaleźć godnego następce, ale okazało się, że można. Werder znalazł równego poziomowi Micoud, albo może jeszcze lepszego - Diego z FC Porto.

W sezonie W sezonie 05/06 w ostatniej kolejce zdobyli wicemistrzostwo pokonując w ostatniej kolejce HSV Hamburg 2:1. Diego uznano za najlepszego zawodnika Bundesligi w tym sezonie, a Miroslav Klose został królem strzelców

W sezonie 06/07 Werder zajął trzecie miejsce strzelając najwięcej bramek. W przerwie letniej super snajper Werderu Mirosław Klose przeszedł do odwiecznego rywala - Bayernu Monachium.

Skład

Bramkarze:

Obrońcy:

Pomocnicy:

Napastnicy: