Rubin nigdy nie występował w rozgrywkach Premier Ligi Związku Radzieckiego. W 2003 roku po raz pierwszy awansował do Rosyjskiej Premier Ligi, w której zajął 3. miejsce w debiutanckim sezonie, kwalifikując się do Pucharu UEFA, w którym odpadł w 2. rundzie eliminacyjnej po dwumeczu z Rapidem Wiedeń (2:0 w Wiedniu i 0:3 u siebie). W 2004 roku zespół zajął dopiero 10. miejsce, jednak zrehabilitował się w sezonie kolejnym, w którym zakończył rozgrywki Premier Ligi na 4. miejscu. Poprzednie nazwy klubu Rubin to: "Iskra" (1958-1964) oraz "Rubin-TAN" (1992-1993).

W 2008 roku Rubin dzięki zwycięstwu w 27. kolejce nad Saturnem Ramienskoje (2:1) i porażce 0:1 CSKA Moskwa ze Spartakiem Moskwa został pierwszy raz w historii mistrzem Rosji.

Skład

Bramkarze:

Obrońcy:

Pomocnicy:

Napastnicy: