Klub założony został 25 maja 1948 roku, gdy klub Club Deportivo Málaga przejął juniorski klub CD Santo Tomás i przekształcił go w swoją rezerwową drużynę o nazwie Club Atlético Malagueño.

Gdy w 1992 roku CD Málaga został rozwiązany z powodu trudności finansowych, jego rezerwowy klub CA Malagueño nie zaprzestał swojej działalności. W sezonie 1992/93 CA Malagueño grał w 9 grupie IV ligi (Tercera División), gdzie spisał się znakomicie i awansował do III ligi (Segunda División B), z której jednak spadł w następnym sezonie. Tak jak poprzednio CD Málaga, klub ten popadł w tarapaty finansowe. Członkowie klubu w referendum z 19 grudnia 1993 roku podjęli decyzję o zmianie nazwy klubu na Málaga Club de Fútbol S.A.D.

W sezonie 2002/2003 Málaga CF wyeliminował Amikę Wronki z rozgrywek o Puchar UEFA. W sezonie 2007/2008 występuje w rozgrywkach hiszpańskiej Segunda División, do której awansował w sezonie 1997/98.

Skład

Bramkarze:

Obrońcy:

Pomocnicy:

Napastnicy: