Klub założony został w 1907 roku, co czyni go jednym z najstarszych w Portugalii. Choć nie jest powszechnie znany poza granicami kraju, w latach 60. regularnie występował w rozgrywkach na szczeblu europejskim. W 1961 roku zdobył również Puchar Portugalii, pokonując w finale drużynę F.C. Porto. Rok później klub dotarł do ćwierćfinału Pucharu Zdobywców Pucharów, co było największym jak dotąd sukcesem drużyny na arenie międzynarodowej. W pierwszej rundzie pokonali w dramatycznych okolicznościach francuski F.C. La Chaux-de-Fonds - Leixões wygrał u siebie 5-0 po porażce 2-6 na wyjeździe. Jest to najwyższy tego typu wynik w historii PZP.

Po głębokim kryzysie, jaki przechodził później zespół, w 2002 roku ponownie dostał się on do finału pucharu kraju, zwyciężając nad jedenastką Sportingu Braga 3-1. Pomimo przegranej 0-1 z późniejszym mistrzem Portugalii Sportingiem Lizbona, drugoligowa drużyna zakwalifikowała się do europejskich pucharów. Leixões odpadł w pierwszej rundzie Pucharu UEFA po występie w Salonikach, gdzie przegrał w zaciętym spotkaniu z miejscowym PAOK-iem 3-5 (pierwszy mecz zakończył się zwycięstwem Portugalczyków 2-1). W tym samym roku klub zdegradowany został do miejscowego odpowiednika trzeciej ligi, by powrócić do Liga de Honra po jednym sezonie. Dwa lata później w pechowy sposób uniknął awansu do Superligi, pozostając pomimo zajęcia 3 miejsca na zapleczu najwyższej klasy rozgrywkowej w związku z jej reorganizacją. W 2007 roku zespół powrócił ostatecznie do I ligi po osiemnastu latach przerwy.

Skład

Bramkarze:

Obrońcy:

Pomocnicy:

Napastnicy: