W 2004 roku Bayern doszedł do 1/8 finału Ligi Mistrzów gdzie zmierzył się z Realem Madryt. W pierwszym meczu po błędzie Olivera Kahna, który przepuścił strzał z rzutu wolnego Roberto Carlosa padł remis 1:1. Na Santiago Bernabéu lepszy był Real i Bayern pożegnał się z Champions League. W Bundeslidze "Bawarczycy" musieli uznać wyższość Werderu Brema, zajmując ostatecznie 2. miejsce, natomiast z Pucharem Niemiec pożegnali się odpadając z drużyną 2. Bundesligi Alemannią Aachen. Po sezonie z klubem rozstał się Ottmar Hitzfeld, który prowadził Bayern od 1998 r. Nowym trenerem został mianowany Felix Magath, prowadzący wcześniej VfB Stuttgart. Zmieniło się również miejsce rozgrywania meczów: Bayern przeniósł się na Allianz Arene, zupełnie nowy stadion wybudowany na Mistrzostwa Świata 2006 r. w Niemczech. Na początku dzielił go z innym monachijskim klubem - TSV 1860, jednak latem 2006 r. z powodu kłopotów finansowych "Lwy" odsprzedały swoje udziały. W sezonach 2003/2004 i 2005/20006 zespół zdobywał dublet, jednak nie osiągał sukcesów w Lidze Mistrzów. Następny sezon okazał się dla bawarskiej drużyny katastrofalny - tylko 4. miejsce w lidze, które nie dawało możliwości wystąpienia w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, oprócz tego zespół nie zdobył żadnego trofeum. Z prowadzeniem drużyny już w trakcie sezonu pożegnał się Magath a jego miejsce zajął ponownie Ottmar Hitzfeld.

Przed sezonem 2007/2008 gruntownie przebudowano drużynę. Do zespołu dołączyło 8 piłkarzy m.in. włoski snajper Luca Toni, gwiazda Bundesligi Miroslav Klose oraz Franck Ribery. Wzmocnienia te okazały się strzałem w dziesiątkę ponieważ "Bawarczycy" zdobyli w tym sezonie Puchar Ligi, Puchar Niemiec, a także Mistrzostwo Kraju. W Pucharze UEFA osiągnęli półfinał, w którym boleśnie ulegli późniejszemu zdobywcy tytułu - Zenitowi St.Petersburg, remisując najpierw w Monachium 1:1 i przegrywając 0:4 w St. Petersburgu. W trakcie sezonu Ottmar Hitzfeld zapowiedział pożegnanie z Bayernem i przyjął propozycję przejęcia reprezentacji Szwajcarii po Mistrzostwach Europy 2008.

Nowym trenerem Monachijczyków od 1 lipca 2008 będzie była gwiazda niemieckiej piłki nożnej oraz były trener piłkarskiej Reprezentacji Niemiec - Jürgen Klinsmann.

Skład

Bramkarze:

- Hans-Jorg Butt

- Michael Rensing

- Thomas Kraft

Obrońcy:

- Breno

- Christian Lell

- Daniel Van Buyten

- Lucio

- Martin Demichelis

- Massimo Oddo

- Philipp Lahm

- Willy Sagnol

Pomocnicy:

- Andreas Ottl

- Bastian Schweinsteiger

- Franck Ribery

- Hamit Altintop

- Jose Ernesto Sosa

- Mark van Bommel

- Tim Borowski

- Toni Kroos

- Ze Roberto

Napastnicy:

- Luca Toni

- Lukas Podolski

- Miroslav Klose